U hap për herë të parë në vitin 1924 me vendim të  Kongresit të Parë të Bashkësisë Islame të Shqipërisë  për të plotësuar nevojat  me personel fetar në vend.
Ndërtimi i godinës së Medresesë përfundoi në vitin 1931. Fjalën e hapjes  në përurimin e saj e mbajti politikani dhe sociologu i dëgjuar shqiptar Mehdi Frashëri.
Pas 40 vjet veprimtarie të mësimdhënies Medreseja u mbyll nga qeveria komuniste më 1964 dhe u rihap në vitin 1991, kur në Shqipëri kishin nisur proceset demokratike.
Medreseja e Tiranës është në pronësi të Komunitetit Mysliman Shqiptar dhe administrohet prej tij.